В конце октября 1938 года фирмам "Мессершмитт А.Г." и "Арадо" была поставлена задача создания нового тяжёлого двухмоторного истребителя ("охотника") для замены Me.110. Разработку истребителя, получившего обозначение Me.210, возглавил В.Мессершмитт. Он должен был обладать большей скоростью и дальностью, обладать возможностью бомбометания и иметь более мощное оборонительное вооружение (особенно в нижней полусфере). Силовую установку было решено оставить прежней. Из-за бомбоотсека объём фюзеляжа был увеличен. Увеличение запаса топлива привело к необходимости усиления конструкции и соответственно массы. Для улучшения обзора кабина экипажа была сдвинута вперёд, а фонарь выполнен шире фюзеляжа. Вместо штампованных моторам было решено применить сварные.

В связи с увеличением в 1941 году интенсивности налетов английских бомбардировщиков на города и промышленные объекты Германии фирма «Хейнкель» решила переработать отклоненный ранее Министерством авиации Германии проект высотного разведчика и бомбардировщика Р.1060 в тяжелый ночной истребитель-перехватчик.